Сторонняя от Microsoft? Если бы Microsoft была бы против, то не выпускала бы ее. Сделайте бэкап реестра и контрольную точку для подстраховки.
Никаких последствий не будет, кроме того, что придется каталог установки "Clients Count" удалить потом при необходимости ручками.

_________________
90% ответов на ваши вопросы находятся в руководстве, разделах "Вопросы" и "Видео" на нашем сайте.

Есть два варианта. См. скриншот.
На самых первых этапах вашего списка (пункт 2) уже хотелось бы видеть, какие у вас папки заданы для каждого пользователя. То есть, необходимо снять видео, в котором все подробно показать (о чем мы все время просим).

Если персональные папки когда-то сама программа назначила по умолчанию, и это срабатывает до сих пор (кто бы проверил это и снал видео..), то можно доработать программу так или иначе - чтобы она создавала папки автоматом не в C:\Documents and settings\Users\User\ а в другом, более надежном и беспроблемном месте. Например C:\Documents и C:\Templates
Диск C (или какой-нибудь X) конечно, должен быть у каждого пользователя доступен, и права на чтение и запись в эти папки должны быть заданы админом.

_________________
2B OR NOT 2B = TRUE